बेलूर मठ
अमरनाथ की यात्रा से कलकत्ता लौटने के पश्चात्, विवेकानन्द ने बेलूर मठ का निर्माण कार्य प्रारम्भ करवाया। यह कलकत्ता से पाँच मील दूर गंगा के पश्चिमी तट पर था। जनवरी 1899 में भिक्षु, नये मठ में चले गये। निवेदिता गर्ल्स स्कूल पहले ही शुरू हो चुका था। उस समय उद्बोधन नाम से एक बंगाल मासिक भी शुरू किया गया था। उनके ब्रिटिश शिष्यों, कैप्टन सेवियर और उनकी पत्नी ने हिमालय में मायावती (अल्मोड़ा) में अद्वैत आश्रम का निर्माण किया। तब एक अंग्रेजी मासिक पत्रिका प्रबुद्ध भारती भी शुरू की गई।
इस अवधि के दौरान, स्वामी ने मठ में संन्यासियों एवं ब्रह्मचारियों को निरंतर अपनी मुक्ति तथा समस्त जनों की भलाई हेतु गहन आध्यात्मिकता व सेवा पूर्ण जीवन के लिए प्रेरित किया – “आत्मनो मोक्षार्थं जगत हिताय च,” जैसा कि उन्होंने कहा। इस बीच मठ के काम के प्रति अति व्याकुलता एवं जुनून के कारण उनका स्वास्थ्य काफी बिगड़ गया। चूँकि उनके शिष्यों द्वारा उन पर दोबारा अमेरिका जाने के लिए दबाव डाला जा रहा था, वे एक बार फिर यात्रा पर निकल पड़े।