हिम-देवता अमरनाथ का दर्शन
प्लेग पर नियंत्रण होने के पश्चात स्वामी और उनके पश्चिमी शिष्य नैनीताल और अल्मोडा के लिए रवाना हो गये। बाद में, वे कश्मीर गए तथा वहांँ से वे 2 अगस्त 1898 को अमरनाथ के पवित्र मंदिर पहुंँचे। यह यात्रा उनके आध्यात्मिक जीवन में एक और महत्वपूर्ण मोड़ थी, जैसे 1880 में श्री रामकृष्ण से मुलाकात और 1893 में संसद के सामने उनकी धार्मिक उपस्थिति थी। इस बार,जब वे तीर्थयात्रियों की भीड़ में शामिल हुए, गुफा के बगल में बर्फ की ठंडी धारा में उनकी तरह स्नान किया और एक लंगोटी को छोड़कर नग्न होकर शिव के मंदिर में प्रवेश किया, तो उन्हें एक महान रहस्यमय अनुभव हुआ। अत्यधिक रोमांच जिसके परिणामस्वरूप उसका हृदय स्थायी रूप से विशाल हो गया। शिव विवेकानन्द की भक्ति से घनिष्ठ रूप से जुड़े हुए देवता थे। वास्तव में, वह स्वयं अपनी माँ के लिए शिव का वरदान थे, जिसने एक पुत्र के लिए बनारस के भगवान विश्वेश्वर से प्रार्थना की थी। इसलिए, इसमें कोई आश्चर्य नहीं कि जब उन्होंने हिमालय के प्रसिद्ध मंदिर में प्रवेश किया तो वह बहुत प्रभावित हुए। इसके बाद कई दिनों तक वह शिव के अलावा कुछ नहीं बोल सके। शाश्वत योगी, हिमालय की बर्फ के बीच ध्यान में मग्न थे। उन्होंने बाद में कहा. “जब से मैं अमरनाथ गया, शिव स्वयं मेरे अंदर प्रवेश कर गए, वे मुझे नहीं छोड़ेंगे।”
अमरनाथ के बाद, वे श्रीनगर के पास क्षीर भवानी माता के पवित्र मंदिर गए। यह भी उनके लिए एक और अविस्मरणीय अनुभव साबित हुआ।